Stenhusets øverste myndighed er generalforsamlingen, som ordinært afholdes en gang årligt inden udgangen af marts måned.
Generalforsamlingen har vedtaget Stenhusets love og bestemmelser for Stenhuset. Ændringer til lovene kan vedtages på en generalforsamling hvis der er 2/3 flertal herfor. Ændring til bestemmelserne kan vedtages på en generalforsamling hvis der er almindeligt flertal herfor.